Afin de conserver l’équilibre et la diversité de ce milieu naturel singulier, la Réserve Naturelle de Scandola fait l’objet d’une réglementation et de nombreuses interdictions que chacun se doit de respecter. La navigation y est strictement réglementée, ce qui a permis au fil du temps de voir multiplier par sept la ressource poissonnière du site et de passer d'un couple de balbuzards à vingt aujourd'hui.